2009年甲型H1N1流感在全球爆發，面對影響首都社會安全和政治穩定的新發、突發重大傳染病，在國家及地方政府支持和指導下，北京地壇醫院提前做好預案，確定了中醫藥“早期”、“全程”參與，“科學規劃”與“中西醫并重”的總體方針。（1）組建了中西醫人員共同工作的甲流應急中心：中醫專業派駐有臨床及科研經驗的三級臨床人員，中醫副主任醫師擔任病區主要行政領導，保障中醫藥第一時間介入甲流防控，確保中醫臨床治療與科研同步進行。（2）建立了北京甲流專家會診平臺，通過現場、視頻會議等形式，對早期病例及特殊病例進行會診，將專家意見及共識，轉化為臨床方案，逐步提高臨床辨證治療水平。（3）重視信息傳播與知識轉化。通過臨床及科研團隊配合，不斷發現并解決甲流的焦點及難點；及時將科研產出分類轉化為政策依據、公眾防控信息及臨床應用成果。為北京乃至全國甲流防控和決策提供了科學支撐，促成臨床研究成果轉化為中藥產品，帶動了中醫溫病學術傳承與進步，產生了良好的經濟效益和社會效益。
自2009年5月12日確診第1例甲流患者開始，中醫人員開始在流感病區第一線搜集和記錄中醫證候，通過個案研究、小樣本分析，提出甲型H1N1流感屬風熱疫毒為患，仍屬于中醫時行感冒范疇，總結了甲型H1N1流感的中醫藥核心病機及治療方案，給國家和北京市中醫局中醫專家組制定、調整、優化治療方案提供了臨床依據。
通過會診、開會、發表學術文章、開新聞發布會等多種信息渠道傳播中醫藥成果。在核心期刊發表學術論文13篇，參與撰寫SCI論文2篇。至2009年8月，北京地壇醫院所做設計326例患者的臨床隊列研究，是國內設計最嚴謹，數據最全，觀察最為細致的臨床研究。其結論通過多家媒體、國際會議以及論文《326例甲型H1N1流感的隊列病例臨床征候演變規律與治療觀察》進行宣傳，提出了甲流輕癥可不用奧司他韋的重要觀點。2009年底更有對500余例的臨床癥狀及其演變規律的分析總結。參加了兩項國家級中醫藥甲流治療研究，以高級別證據證實輕癥甲型H1N1流感的中醫藥療效與奧司他韋療效無顯著差異，這些臨床研究成果為衛生部（國家中醫藥管理局）甲型H1N1流感三版診療方案的修訂提供了有力支撐。打破了“奧司他韋”迷信，緩解了民眾焦慮。
2009年10月以后，國家將甲型H1N1流感防控工作重點調整為對重癥救治，降低病死率。北京地壇醫院防治甲流團隊又從典型病例個案研究、隊列研究入手，在2009年11月在重癥、危重癥早期預警方案基礎上，提出中醫藥早期、全程治療減少危重癥的發生以及重癥、危重癥及甲流高危人群的中醫藥診治方案，該方案已在北京地區及全國推廣，2010年在國家中醫局的行業建設專項里以課題形式進行臨床研究。
北京地壇醫院在應對甲流期間的實踐證明，中醫藥在應對突發、新發傳染病領域大有可為。政府支持、機制創新、多學科聯合、臨床科研一體化、信息傳播與知識轉化，是地壇醫院成功應對甲流疫情的重要經驗總結。中醫高層次臨床團隊的全程介入是甲流科研及臨床工作的核心措施。甲流的工作模式，為中醫藥應對新發、突發重大傳染病提供了一個好的范例，實現了臨床療效、科研成果、社會效益的全面進步。
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